La vaccination contre la fièvre jaune est obligatoire pour entrer au Togo et le certificat international est contrôlé à l'arrivée. Les autorités sanitaires françaises recommandent en outre la mise à jour du vaccin contre la diphtérie, le tétanos et la poliomyélite, ainsi que la vaccination contre les hépatites A et B, la typhoïde et les méningocoques des sérogroupes A, C, Y et W135.
Le paludisme est présent toute l'année sur l'ensemble du territoire, Lomé comprise. Un traitement préventif adapté se prescrit avant le départ, en complément d'une protection contre les piqûres reposant sur la moustiquaire imprégnée, les vêtements couvrants le soir et les répulsifs cutanés. Toute fièvre survenant pendant le séjour ou dans les mois qui suivent le retour justifie une consultation rapide, avec mention du voyage.
La dengue et le chikungunya circulent également par les moustiques, dont l'activité diurne prolonge le besoin de protection. Les infections d'origine alimentaire et hydrique restent la première cause de désagrément, ce qui rend préférables l'eau en bouteille capsulée et les aliments bien cuits. Des épisodes de choléra, de typhoïde, de méningite et de fièvre de Lassa sont signalés selon les saisons.
Le pays dispose d'un centre hospitalier universitaire à Lomé et de cliniques privées dans la capitale, dont le plateau technique demeure limité pour les urgences lourdes, les structures de province disposant de moyens plus réduits encore. Une assurance couvrant les frais médicaux et le rapatriement sanitaire constitue de ce fait un élément essentiel du budget de voyage. Les pharmacies de Lomé sont correctement approvisionnées, mais l'emport des traitements personnels reste préférable.
La partie septentrionale du pays connaît une menace terroriste depuis les premières attaques survenues en novembre 2021 dans la région des Savanes. Le ministère français de l'Europe et des Affaires étrangères classe la frontière avec le Burkina Faso et les points de passage de Cinkassé et de Mandouri en zone formellement déconseillée, et le reste de la région des Savanes, Dapaong comprise, en zone déconseillée sauf raison impérative. Un déplacement dans cette région suppose une autorisation écrite du ministère togolais de la Défense, sollicitée plus de 30 jours ouvrés à l'avance. Les conseils aux voyageurs officiels font foi, la situation pouvant évoluer rapidement.
Le sud connaît une délinquance de droit commun, avec des vols avec ou sans violence régulièrement signalés. Les déplacements à pied de nuit dans Lomé, la fréquentation des plages après la tombée du jour et l'usage des taxis-motos sont déconseillés par les autorités françaises, qui orientent vers les taxis automobiles à plaque jaune. Le port ostensible d'objets de valeur et les retraits d'espèces effectués seul accroissent nettement l'exposition au risque.