Malgré sa faible superficie, le Togo relève de deux domaines climatiques distincts, séparés par la dorsale montagneuse qui traverse le pays en diagonale. Le sud connaît un climat subéquatorial de type guinéen, marqué par une humidité élevée et un régime de pluies à deux maximums. Le nord appartient au domaine soudanien, avec une saison des pluies unique et une saison sèche plus longue et plus tranchée.
La moitié méridionale alterne quatre saisons. Une grande saison des pluies s'étend de mars à juillet, suivie d'une petite saison sèche en août, puis d'une seconde saison pluvieuse de septembre à novembre, avant la grande saison sèche de décembre à février. Ce calendrier commande les cycles agricoles du maïs, du manioc et des cultures maraîchères de la plaine côtière. La zone littorale reçoit paradoxalement moins de précipitations que l'intérieur, en raison de l'orientation de la côte par rapport au flux de mousson.
Au nord des monts du Togo, une seule saison des pluies s'installe d'avril ou de mai à octobre, avec un maximum en août et en septembre. La saison sèche qui lui succède est dominée par l'harmattan, vent continental chargé de poussière qui souffle depuis le Sahara entre novembre et février, abaisse fortement l'humidité de l'air et réduit la visibilité. Les amplitudes thermiques journalières y sont nettement plus élevées que sur le littoral.
Les moyennes annuelles s'établissent autour de 27 degrés, avec des maximums avoisinant 35 degrés en fin de saison sèche dans la région des Savanes. La pluviométrie varie d'environ 800 à 900 millimètres sur la côte à plus de 1 400 millimètres sur les reliefs les plus arrosés du sud-ouest, ce qui explique la localisation des cultures de café et de cacao.
Le pays figure parmi ceux dont l'agriculture pluviale dépend étroitement de la régularité des saisons. Les autorités et les organisations internationales relèvent une variabilité accrue des dates de démarrage des pluies, des épisodes de sécheresse dans le nord et des inondations urbaines à Lomé. L'érosion côtière, alimentée par la houle et par les aménagements portuaires, fait l'objet de programmes régionaux associant le Togo, le Bénin et le Ghana.